Las tierras de Jalisco resguardan miles de especies de flora y fauna, por lo que con fundamento en los artículos 50 y 51 numeral III, inciso c del Reglamento de la Ley de Bioseguridad de Organismos Genéticamente Modificados (RLBOGM) existen en el Estado alrededor de 17 Áreas Naturales Protegidas.
Las Áreas Naturales de Jalisco son; La Reserva de la Biosfera Sierra de Manatlán, Reserva de la Biosfera Chamela-Cuixmala, Volcán Nevado de Colima, Bosque La Primavera, Sierra de Quila, Área de Protección de Recursos Natural DNR-043 Nayarit- Cuenca Río Ameca.
Además de Mismaloya, Teopa, Cuitzmala, El Tecuán, Santuario Islas de la Bahía de Chamela, estos cinco son santuarios de la tortuga marina. También forman parte de las ANP el Parque Estatal Bosque Mesófilo, Estero El Salado, Área Municipal de Protección Hidrológica Barranca del Río Santiago, Bosque El Nixticuil-San Esteban-El Diente, FNIM Piedras Bola, Bosque Los Colomos.
Las Áreas Naturales Protegidas (ANP), son los territorios en los que los ecosistemas originales no han sufrido importantes alteraciones por la actividad de hombre.
Su principal objetivo es conservar el ambiente que lo rodea, proteger el suelo, y mantener la actividad y la reproducción del ecosistema, pues algunas de las funciones de las ANP son la filtración del agua, la producción de oxígeno, regulación térmica, la protección de la tierra, aspecto social, esparcimiento y turismo.
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